指导意见强调，在灾害事故的应急处置中，各级各类医疗卫生机构要把人员的疏散、转移、应急救治作为突出的重点内容，尽最大可能避免和减少人员伤亡。要求各级卫生行政部门、各级各类医疗卫生机构要研究制定本部门、本单位应对火灾、地震、长时间停水、停电、水源污染等各类灾害事故的应急预案。应急预案应明确医疗卫生机构灾害事故应急处置组织机构、指挥体系、工作职责，明确人员疏散、报警、指挥程序以及现场抢险程序等事项，做到分工细致、岗位职责明确、责任落实到每一个人。
同时，指导意见明确规定灾情信息报告时限、报告方式、报告程序、责任报告人等内容。各级卫生行政部门要在第一时间内上报灾情信息，对人员伤亡以及疏散、转移等情况要在接到医疗卫生单位报告后2小时内核实上报。指导意见还强调，各级卫生行政部门、各级各类医疗卫生机构要定期对全体人员进行灾害事故应急处置知识、技能培训，并组织灾害事故应急预案模拟演练。
